Mendeley, 文献管理小助手

Mendeley简易使用指南

Posted by kissg on December 1, 2017

本周邂逅了一款文献管理软件——Mendeley,玩了一天,甚得我心,推荐给大家。以下是我写的使用指南,基本涵盖了Mendeley文献管理的所有功能。

我使用的操作系统是Ubuntu,一款Linux发行版。其实我最初听说的是Endnote,但它并没有提供Linux版本。为了能方便地进行文献管理,不必开一个虚拟机或者重启Windows系统(双系统),我选择了提供全平台支持(Windows、Mac、Linux、iOS、Android、Browser Plugin)的Mendeley。除了全平台支持之外,Mendeley的另一个优势是,它是开源免费的(程序员总是偏爱开源的东西)。最重要的是,它还具有强大的文献管理能力,因此是Endnote很好的替代品。

以下是Mendeley的特点:

  • 自动从导入到库中的PDF 文件中提取文献信息;
  • 通过Web Importer(浏览器插件)从各种数据库中直接导入文献;
  • 强大的文件管理功能;
  • 具有高亮、注释功能的PDF阅读器;
  • 方便在Word中插入参考文献;
  • 通过群组功能与其他研究者共享文献;
  • 公开个人Profile。

安装完毕Mendeley,首次运行时,软件会提示安装Office插件,如图1所示。Libre Office是Linux桌面版下默认的Office,因此它提示安装Libre Office插件而不是Microsoft Office插件。若安装Windows版,程序应提示安装Microsoft Office插件。安装插件Office插件能极大方便参考文献的编写,因此选择安装。

首次运行Mendeley,提示安装Office插件 图1 首次运行Mendeley,提示安装Office插件

Mendeley的界面比较分明,最上方是菜单栏、工具栏与搜索框;左侧上方是导航,下方是作者信息,此时未导入文献,显示为空;中央就是文献目录区,此时同样为空;右侧是选中文献的基本资料。如图2所示。

Mendeley的用户界面,未导入文献 图2 Mendeley的用户界面,未导入文献]

在使用文献管理工具之前,我已经搜集了不少资料。得益于Mendeley自动从导入的PDF中提取文献信息的功能,避免了手动录入的麻烦。Mendeley提取文献信息偶尔会出现错误。对文献标题与作者的简单核对,结果如图3所示。

Mendeley提供了“Citations”和“Table”两种视图,以下是Table形式的试图。可以看到,作者信息都被提取到了左下角的“Filter by Authors”区,可以方便地根据作者查找文献。文献区提供了文献的基本信息,包括作者、标题、发表年、期刊等。而最左侧的三列提供了加星,已读/未读,是否本地存储的有用小功能。由于我的都是本地导入的,因此第三列用一个Adobe PDF的标记表示本地存储。右侧显示的是选中的文献的更细节的信息,包括摘要、关键字、文献的可获得URL等,都是可编辑的。此外,如果阅读文献时做了笔记,点击“Notes”即可查看;“Contents”是选中文献的目录。

Mendeley用户界面,导入文献 图3 Mendeley用户界面,导入文献]

这些文献在不同时期被下载,因此存在重复的情况。Mendeley提供了文献去重功能,在菜单栏“Tools”下有一项“Check for Duplicates”,选择点击,Mendeley将根据文献的细节信息对不同文献进行对比。如图4所示,它从我的文献库中找到7组很可能是重复的文献,“Confidence”表示程序判断对应组是重复的置信度/可能性。原理很简单,就是从文献细节中提取相应字段进行对比,图4中程序选择了摘要、URL、ArXiv ID、ISSN等等,匹配上的字段越多,置信度越高,就是这样。但是,用户是可以修改这些字段的,所以如果这些字段填写错误,去重的错误率也会增大。经比对,这几组确实都是重复文献,但文件名上稍有不同,全部选择合并。

使用Mendeley对文献进行去重 图4 使用Mendeley对文献进行去重]

Mendeley提供了基本的文献检索功能,左上角“Mendeley”下的“Literature Search”检索外部文献,右上角的搜索框则提供了在用户的文献库内进行检索的功能。图5展示了使用外部检索的结果。可以看到,很多结果实际上都指向同一篇文章。我怀疑,这是因为不同用户为同一篇文章填写的细节字段不同,而Mendeley的服务器并没有对所有文献进行去重,因此存在同一篇文章的多个版本。这也是导入PDF自动提取文献信息出错的一个原因。Mendeley根据它的数据库为导入的文章赋信息,而不是提取信息。我好几次遇到一篇文章被“信息提取”为另一篇文章的情况,估计就是这个原因。另外,可以看到,搜索结果中,如果用户文献库中已存在某篇文章,在结果前会有一个小勾;如果是用户文献库中不存在的文献,除了对应记录前没有打勾的标记外,选中时,右侧“Details”下会提示保存引用。

使用Mendeley进行外部文献检索 图5 使用Mendeley进行外部文献检索]

切换成“Citations”视图时,文献会以指定的参考文献格式展示,图6所示为默认的参考文献格式(American Psychological Association 6th Edition)展示的结果。一种浓郁的参考文献气息扑面而来。这也是文献管理软件的管理文献之外的另一大用途——方便用户编写参考文献。右击文献,有一个“Copy As”的选项,可复制当前的参考文献格式。当然,更方便的还是在行文过程中直接使用Office插件,随时随处插入引用。

以Citation视图展示文献 图6 以Citation视图展示文献]

点击菜单栏“View”=>“Citation Style”可更改参考文献格式,极大方便了不同参考文献格式的论文写作。图7所示是上述操作的对话框。在安装软件时,默认已经安装了基本的参考文献格式,用户也可以自行下载安装其他参考文献格式。

Mendeley默认提供的引用风格 图7 Mendeley默认提供的引用风格]

Mendeley还有一个比较好的地方是,右击文献,选择“Related Documents”可以查找与当前文献相关的文献。这对于研究有所帮助。图8展示了“Wasserstein GAN”的相关文献。10个结果中,有4个是这篇文章本身,可见Mendeley服务器上没有对文献进行去重的危害有多大。“Related Documents”的功能虽然有帮助,但帮助也没有想象中的大,总之能帮助做一点扩展阅读。

使用Mendeley查找相关文献 图8 使用Mendeley查找相关文献]

Mendeley内置了PDF阅读器,对于本地存储的文献,双击即可打开。图9展示了Mendeley作为PDF阅读器的界面。从工具栏可以看出,Mendeley提供了做笔记、高亮等功能,还算挺实用的。

使用Mendeley作为PDF阅读器 图9 使用Mendeley作为PDF阅读器]

在Office中使用Mendeley来辅助参考文献的写作真的很方便。即使在Windows下,我也是使用WPS Office的,Mendeley并不为WPS Office提供插件(我在网上看到网友要求支持WPS Office的呼声很高)。因此不便演示Windows下如何使用Mendeley插入文献引用。

在Libre Office中使用Mendeley插入参考文献很简单粗暴。图10是安装了Mendeley插件后,Libre Office Writer(对应Microsoft Office 的Word)的工具栏。

安装Mendeley插件后,Libre Office Writer的工具栏 图10 安装Mendeley插件后,Libre Office Writer的工具栏]

我查了下“Bibliography”是“文献目录”的意思。因此写作的时候,先在文档底部插入一个Bibliography,然后在行文过程中点击“Insert Citation”即可随时插入参考文献的引用,参考文献将自动加入Bibliography中。由于插入引用中间截图的困难性,只好直接上结果了,如图11所示。比如输入“Wasserstein GAN”之后,点击“Insert Citation”将弹出Mendeley的搜索框,输入文献关键字就能插入文献引用。我想,Microsoft Office的插件使用应大同小异,也是极方便的。

使用Mendeley插入文献引用的示例 图11 使用Mendeley插入文献引用的示例]

Mendeley提供的浏览器插件Web Importer对于即时保存检索到的文献挺有帮助的。图12、13展示了在Web of Science上使用Web Importer的结果。可以看到,作为Endnote的竞品,在Web of Science上使用Web Importer的效果并没有达到预期。比如在图12中,点击插件图标,Web Importer搜索的结果与Web of Science搜索的结果并不完全一致。Web of Science的搜索结果是文献列表,而此时Web Importer给出的却是文献所属期刊列表,这明显不是用户期望的结果。进入文献详情页,再点击插件图标,结果则有些画蛇添足,第一条记录是文献,第二条记录是期刊。再点击文献细节,可以看到基本信息都补全了。

在Web of Science上使用Mendeley提供的浏览器插件Web Importer,1 图12 在Web of Science上使用Mendeley提供的浏览器插件Web Importer,1]

在Web of Science上使用Mendeley提供的浏览器插件Web Importer,2 图13 在Web of Science上使用Mendeley提供的浏览器插件Web Importer,2]

在Scopus上使用Web Importer的效果比Web of Science好,直接给出了文献列表,而不是期刊,如图14所示。不得不感慨,毕竟都是ELSEVIER出品。

在Scopus上使用Web Importer 图14 在Scopus上使用Web Importer]

至此,基本完成了对Mendeley文献管理功能的调研。此外,Mendeley还具有社交属性,可进行论文共读。但超出了文献管理的范畴,不再展开。

尽管未接触过Endnote,但是我发现Mendeley基本满足绝大多数用户对文献管理的需求,是一款很好的工具!